El Premio cuenta con un jurado de excepción, formado siempre por escritores y destacadas personalidades culturales. Un jurado que avala la transparencia de este Premio. En próximas fechas desvelaremos el nombre del Presidente del Jurado. Desde su primera edición, en 1998, han presidido el Premio Alfaguara: Carlos Fuentes, Eduardo Mendoza, Alfredo Bryce Echenique, Antonio Muñoz Molina, Jorge Semprún, Luis Mateo Díez, José Saramago, José Manuel Caballero Bonald, Ángeles Mastretta, Mario Vargas Llosa, Sergio Ramírez, Luis Goytisolo, Manuel Vicent, Bernardo Atxaga, Rosa Montero, Manuel Rivas, Laura Restrepo, Javier Cercas y Carme Riera.